Nascido em São Paulo em 1962, Menezes estudou Composição na Universidade de São Paulo (USP) com Willy Corrêa de Oliveira. Entre 1986 e 1990, com bolsa alemã do DAAD e daFAPESP, especializa-se com Hans Ulrich Humpert em Música Eletrônica junto ao Studio für elektronische Musik de Colônia (obtendo o mais alto diploma alemão – Künstlerische Reifeprüfung – em 1989). Em 1991, atua como compositor convidado junto ao Centro di Sonologia Computazionale (CSC) da Universidade de Pádua, Itália, onde se especializa em música computacional. Em 1988, é aluno de Pierre Boulez (no Centre Acanthes em Villeneuve les Avignon, França); em 1989, de Luciano Berio (no Mozarteum de Salzburg, Áustria); em 1995, de Brian Ferneyhough como compositor selecionado pela Fondation Royaumont (Paris), onde recebera encomenda musical vinculada à interpretação pelo Ensemble Recherche de Freiburg; e em 1998, de Karlheinz Stockhausen (Stockhausen-Kurse de Kürten, Alemanha).
Doutorou-se em 1992, com bolsa do CNPq, pela Universidade de Liège (Bélgica), sob orientação de Henri Pousseur, com tese sobre as origens da música eletroacústica, a obra do compositor italiano Luciano Berio e suas relações com a fonologia estrutural (segundo a ótica de Roman Jakobson), a qual recebeu em 1990, em votação unânime, o Primeiro Prêmio em Musicologia Contemporânea do “I Concurso Internacional de Musicologia” (Premio Latina di Studi Musicali), Itália. Em seguida, realizou Pós-Doutorado em 1992 junto à Fundação Paul Sacher, Basiléia (Suíça), a convite do próprio Paul Sacher e após indicação pessoal de Berio, organizando os manuscritos do mestre italiano naquela instituição. Em 1997, já de volta ao Brasil, realiza sua Livre-Docência, tornando-se um dos mais jovens Livre-Docentes da história da Unesp (Universidade Estadual Paulista), e o primeiro na área da Composição Eletroacústica no país, com tese sobre a Atualidade Estética da Música Eletroacústica, publicada pela Editora da Unesp como obra selecionada pela editora para publicação de trabalhos de docentes daquela Universidade. Em maio de 2011, torna-se um dos mais jovens Professores Titulares da Unesp.
Como pianista, atuou como concertista em obras contemporâneas coletivas por ele dirigidas na década de 1980, tendo sido, como regente, responsável pela primeira execução do Konzert Op 24 de Anton Webern no Brasil (em 13 de abril de 1984, no Anfiteatro da USP, dutante a II Semana da Composição por ele organizada, em concerto didático transmitido ao vivo pela Rádio Cultura de São Paulo).
Como compositor, Flo Menezes obteve os principais prêmios internacionais de Composição Eletroacústica: UNESCO (Paris, 1991) com Contextures I (Hommage à Berio); TRIMALCA(Argentina, 1993) com Profils Écartelés; o prestigioso Ars Electronica de Linz (Áustria, 1995) com sua obra Parcours de l’Entité, que lhe valeu ampla reputação internacional; ou ainda o Primeiro Prêmio do Concorso Luigi Russolo de Varese (Itália, 1996) com A Viagem sobre os Grãos; além de ter sido compositor selecionado em inúmeras ocasiões por organismos internacionais, como por exemplo em 1999, quando sua obraATLAS FOLISIPELIS foi, dentre 508 obras inscritas, uma das 5 finalistas do 17ème Concours International de Musique Électroacoustique de Bourges, na França, fato que ocasionou a seleção de seu nome como um dos mais notórios representantes da música eletroacústica internacional no ano seguinte (2000) naquele importante festival. Em novembro de 2002, sua obra Colores (Phila: In Praesentia) é agraciada, em meio a 441 obras inscritas de todas as categorias artísticas, com o mais importante prêmio de arte tecnológica do Brasil: o Prêmio Cultural Sergio Motta. Em 2003, recebe a Bolsa Vitae de Artespara a composição do Oratório Eletroacústico labORAtorio, de uma hora de duração, para soprano, coro a 5 vozes, grande orquestra, sons eletroacústicos e eletrônica em tempo real, obra estreada com enorme sucesso de público e crítica em 2004 no concerto de 450 anos de São Paulo no Theatro Municipal. Em 2007, recebe o principal prêmio internacional de composição eletroacústica europeu, o Giga-Hertz-Preis, dentre mais de 180 compositores inscritos de todo o mundo, por sua obra La Novità del Suono para orquestra de câmera e eletrônica em tempo real, com Pierre Boulez, Wolfgang Rihm, Horacio Vaggione e outros no júri.
Como teórico da música nova, é autor de vários livros e artigos, publicados no Brasil, Europa e EUA. Seu primeiro livro, publicado em 1987, Apoteose de Schoenberg - Tratado sobre as Entidades Harmônicas, já em sua segunda edição (Ateliê Editorial, 2002), é até hoje o único livro a ter sido publicado pela Editora da USP (Edusp) de autoria de um ainda aluno daquela Universidade, tendo sido escrito por Flo Menezes aos 22/23 anos de idade e tendo se tornado livro de referência no Brasil sobre a questão harmônica. É autor, no mais, dos primeiros três livros sobre a Música Eletroacústica em português (Música Eletroacústica – História e Estéticas, Edusp 1996; Atualidade estética da Música Eletroacústica, Editora Unesp 1999; e AAcústica Musical em Palavras e Sons, Ateliê Editorial, 2004), e recentemente organizou e prefaciou a publicação do tratado de Harmonia de Schoenberg em português. Além dos livros, Flo Menezes é autor de inúmeros textos publicados dentro e fora do Brasil (L’Harmattan em Paris, Mitteilungen der Paul Sacher Stiftung na Suíça, Organised Sound na Inglaterra, Leonardo Music Journal e Computer Music Journal nos EUA, Komposition und Musikwissenschaft im Dialog e Musik-Konzepte na Alemanha, Revue Circuit – Musiques Contemporaines no Canadá, etc.).
Foi compositor selecionado e convidado pelo GRM (Groupe de Recherches Musicales) e pelo IRCAM (Institut de Recherche et Coordination Acoustique/Musique) em Paris em 1997, sendo que no IRCAM foi selecionado entre os 10 compositores convidados dentre 397 candidaturas de todo o mundo.
Obteve encomendas de diversas instituições de dentro e fora do Brasil, dentre as quais: Bienal Internacional de São Paulo (1989),Fondation Royaumont de Paris (1995), Instituto Cultural Itaú de São Paulo (1998), Fundação Nestlé da Suíça (2001), Fundação Vitae (2003), GRM de Paris e Universidade de Colônia (Alemanha) (2004), Kunsthochschule für Medien de Colônia, Alemanha, do Experimentalstudio für akustische Kunst da SWRde Freiburg, etc.
Sua obra tem sido executada nos principais festivais e teatros do mundo: Weill Recital Hall do Carnegie Hall em Nova York (1996);Salle Olivier Messiaen da Radio France em Paris (1997, em concerto realizado conjuntamente a Luciano Berio); Maison de la Radio de la Suisse Romande em Genebra (Suíça); Aula daMusikhochschule de Colônia (Alemanha); REDCAT do Walt Disney Hall Complex de Los Angeles (em seu mês inaugural, com a estréia mundial de sua obra Pulsares para orquestra e sons eletroacústicos); Concertgebouw de Amsterdã; Sala Cecília Meireles (RJ); Sala São Paulo; Theatro Municipal de São Paulo, etc. Diversos são os grupos de renome que interpretam suas obras: Ensemble Recherche (Freiburg), Ictus (Bruxelas), New Century Players (Los Angeles), Ensemble Orchestral Contemporain (Lyon), SWR Vokalensemble Stuttgart, Arditti String Quartett, Contrechamps (Suíça), Contemporary Chamber Players(Stony Brook, NY), Plural Ensemble (Madri), Sond'Ar-Te Electric Ensemble (Lisboa), London Sinfonietta (Londres), PIAP (São Paulo), Collegium Novum Zürich (Zurique) etc.
Em 1999 e 2001, Menezes integra o corpo docente dosStockhausen-Kurse em Kürten, Alemanha, a convite do próprio Karlheinz Stockhausen em reconhecimento de suas atividades no Brasil, ministrando curso de análise sobre a obra do mestre alemão para mais de 50 compositores e musicólogos de todo o mundo. A partir de 2004, torna-se Professor Visitante da Universidade de Colônia, Alemanha.
No Brasil, Flo Menezes funda em julho de 1994 o Studio PANaroma, constituindo significativa escola de composição eletroacústica no país. As atividades aí desenvolvidas, tais como a edição dos CDs da série “Música Maximalista”, a série de concertos Terceiro Milênio, a BIMESP (Bienal Internacional de Música Eletroacústica de São Paulo) e o CIMESP (Concurso Internacional de Música Eletroacústica de São Paulo), ganham notoriedade nacional e internacional, e algumas delas - tais como a BIMESP e o CIMESP - passam a fazer parte do calendário obrigatório de grande parte da comunidade internacional da música eletroacústica. O Studio PANaroma, tanto por seus eventos quanto por sua produção musical, passa a ser visto então como o principal centro de produção e pesquisa do Brasil na área, recebendo em inúmeras ocasiões especial atenção fora do Brasil, como por exemplo na recente emissão de mais de 1 hora na rádio de Colônia, Alemanha, dedicada integralmente ao estúdio brasileiro, em janeiro de 2002. Muitos compositores de renome já passaram em visita pelo Studio PANaroma, dentre os quais, por exemplo, Pierre Boulez, em outubro de 1996.
Em 2002, Flo Menezes apresenta elaborado projeto de pesquisa em espacialidade sonora para a fundação do PUTS: PANaromaUnesp - Teatro Sonoro, um teatro móvel de alta qualidade tecnológica destinado à difusão eletroacústica, recebendo significativo apoio da FAPESP e fundando, assim, a primeira “orquestra de alto-falantes” do Brasil.
Considerado pela crítica dentro e fora do Brasil como um dos principais compositores de sua geração, Flo Menezes é Professor de Composição e Música Eletroacústica da Unesp e Diretor do Studio PANaroma da Unesp.